Jörg Halubek studierte Kirchenmusik, Orgel und Cembalo in Stuttgart und Freiburg bei Jon Laukvik und Robert Hill. An der Schola Cantorum Basiliensis spezialisierte er sich in der historischen Aufführungspraxis bei Jesper Christensen und Andrea Marcon. 2004 gewann er als Organist den Ersten Preis des XIV. Internationalen Johann-Sebastian-Bach-Wettbewerbs in Leipzig. Es folgten Einladungen zu Konzerten bei internationalen Festivals, beispielsweise zu den Bachfesten in Leipzig, Salzburg, Ansbach und Ekaterinburg. 2007 spielte er sämtliche Orgelwerke Bachs an vierzehn aufeinanderfolgenden Sonntagen in Stuttgart. Er musizierte als Orgel und CembaloSolist mit dem Venice Baroque Orchestra, den St. Petersburger Philharmonikern und mit dem Staatsorchester Stuttgart. Mit der Gründung des Stuttgarter Barockorchesters Il Gusto Barocco im Jahr 2008 begann Halubek seine Tätigkeit als Ensembleleiter und Dirigent. Er leitete Aufführungen von Barockopern unter anderem bei den Händel-Festspielen Halle, am Staatstheater Kassel und am Nationaltheater Mannheim (Zyklus der Monteverdi-Opern). Zu seinen CD-Aufnahmen zählen Bach-Orgelwerke an der Silbermann-Orgel zu Rötha, Cembalo- und Orgelwerke von Storace auf zwei original erhaltenen italienischen Instrumenten, italienische Arien mit dem Countertenor Franco Fagioli und Bachs Sonaten für Violine und obligates Cembalo gemeinsam mit der Barockgeigerin Leila Schayegh. Eine Gesamtaufnahme des Tastenmusikers von Bachs Orgelwerken auf Originalinstrumenten ist im Entstehen. Halubek ist Professor für Orgel und Historische Tasteninstrumente an der Staatlichen Hochschule für Musik Stuttgart. Bei den Innsbrucker Festwochen der Alten Musik 2017 leitete Jörg Halubek Keisers Oper «Die römische Unruhe, oder Die edelmütige Octavia».
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