Barthold Kuijken studierte Flöte und Blockflöte an den Konservatorien von Brüssel und Den Haag. Auf der Traversflöte ist er Autodidakt. Als Orchestermitglied im Collegium Aureum und später in La Petite Bande sammelte er Erfahrung im Repertoire des Barock bis zur Frühromantik. Zu seinen musikalischen Partnern als Solist und Kammermusiker zählten und zählen seine Brüder Sigiswald (Violine) und Wieland Kuijken (Viola da gamba, Violoncello), die Cembalisten Robert Kohnen, Bob van Asperen und Ewald Demeyere, die Hammerklavierspieler Luc Devos und Piet Kuijken, der Countertenor und Dirigent René Jacobs sowie der Cembalist, Organist und Dirigent Gustav Leonhardt. Für Schallplatte und CD hat Barthold Kuijken einen wichtigen Teil des Flötenrepertoires von der Bach-Familie, Couperin, Hotteterre, Boismortier, Leclair, Händel, Vivaldi, Telemann und Stamitz über die Wiener Klassiker bis zu Debussy aufgenommen. Er ist darüber hinaus als Dirigent unter anderem des Indianapolis Baroque Orchestra tätig. Als Pädagoge unterrichtet Barthold Kuijken an den königlichen Conservatorien von Brüssel und Den Haag und wird häufig als Gastdozent an Musikhochschulen sowie als Juror zu internationalen Wettbewerben eingeladen. Er ediert für den Verlag Breitkopf & Härtel eine kritische Urtext-Ausgabe des gesamten Flötenwerkes von J. S. Bach. Über viele Jahre hinweg hat er auch intensiv mit dem Instrumentenbauer Rudolf Tutz zusammengearbeitet.
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