Das Bach Collegium Japan wurde 1990 von Masaaki Suzuki, seinem inspirierenden Musikdirektor, mit dem Ziel gegründet, dem japanischen Publikum historisch informierte Aufführungen großer Werke der Barockzeit nahezubringen. Zu den Aktivitäten des Ensembles, das sich aus einem Orchester und einem Chor mit historischen Instrumenten zusammensetzt, gehören eine jährliche Konzertreihe mit Kantaten von Bach und eine Reihe von Instrumentalprogrammen. Das preisgekrönte Ensemble widmet sich nun auch dem klassischen Repertoire und veröffentlichte im November 2014 eine Aufnahme des Mozart-Requiems sowie dessen Großer Messe in c-Moll, die bei den Gramophone Awards 2017 in der Kategorie Chöre ausgezeichnet wurde, Beethovens Missa Solemnis und Symphonie Nr. 9.
Das Bach Collegium Japan hat sich durch seine hochgelobten Aufnahmen der großen Chorwerke von Johann Sebastian Bach beim Label BIS einen hervorragenden internationalen Ruf erworben. Im Jahr 2014 wurde der Zyklus der gesamten Kirchenkantaten, der 1995 begonnen wurde und mehr als fünfzig CDs umfasst, erfolgreich abgeschlossen; diese große Leistung wurde 2014 mit dem ECHO-Klassik-Preis „Editorial Achievement of the Year“ ausgezeichnet. Ihre Einspielung der Bach-Motetten wurde mit dem Preis der Deutschen Schallplattenkritik, dem Diapason d’Or de l’Année 2010 und 2011 mit einem BBC Music Magazine Award ausgezeichnet.
Kürzlich veröffentlichten sie eine Box mit den Weltlichen Kantaten, eine erste CD mit Cembalokonzerten unter der Leitung von Masato Suzuki, dem Chefdirigenten der Gruppe, und eine neue Aufnahme der Matthäuspassion, die 2020 mit dem Gramophone Award ausgezeichnet wurde.
Das Bach Collegium Japan und Masaaki Suzuki haben ihre Interpretationen in der internationalen Musikszene mit Auftritten an so weit entfernten Orten wie Amsterdam, Berlin, Paris, Hongkong, London, Los Angeles, Melbourne, New York und Seoul sowie bei großen Festivals wie den BBC Proms, dem Edinburgh International Festival, dem Flanders Festival, dem Hong Kong Arts Festival, dem Bachfest Leipzig und dem New Zealand International Arts Festival vorgestellt.
Im Jahr 2020 feierte das Ensemble sein 30-jähriges Bestehen mit einer Europatournee, zusätzlich zu den regelmäßigen Konzerten in der Suntory Hall in Tokio und in der Tokyo Opera City.